基本信息
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职业迁徙
个人简介
研究领域
徐志建,中国科学院上海药物研究所研究员,国家优秀青年科学基金获得者。现任中国化学会计算(机)化学专业委员会委员,中国化学会高级会员,中国药学会高级会员,中国计算机学会会员。主要从事分子模拟及药物设计方面的研究工作,专注于分子模拟与药物设计新方法的发展,以及这些方法在药物发现方面的应用研究。
共发表论文156篇,其中SCI论文149篇,3篇论文的引用超过200次。申请国家发明专利51项,软件著作权6件。
(1)药物-靶标结合作用的理论研究。率先在药物设计中引入卤键,首次通过计算模拟阐明卤键作用与化合物成药性的关系,阐明了卤键作用的本质,帮助人们进一步理解IUPAC的卤键定义。在卤键方面的研究工作被得克萨斯大学Mahesh Narayan教授评价为教科书式的工作(Molecules 2017, 22 (9)),也被认为是最详实的计算工作(Chem. Eur. J. 2021, 27, 16530)。发现晶体结构数据中的非键相互作用(卤键、氢键、离子键等)被低估。
(2)药物设计方法发展与软件开发。开发了可以处理卤键的分子对接软件D3DOCKxb,将此软件移植到国产超级计算机上,一天可虚拟筛完4200万个化合物。开发了可以分析口袋动力学性质的软件D3Pockets,可以分析口袋的稳定性、连续性与相关性,被生物技术公司购买和使用,并入选《中国药物分子设计40年发展成就》。开发了基于人工智能的多模态药物-靶标关联预测技术MultiDTI,可以关联新化学实体和新靶标到已知的异构网络。开发了抗新冠肺炎药物靶标预测和虚拟筛选平台D3Targets-2019-nCoV。药物设计软件平台访问量合计超200万次。
(3)应用研究。针对肿瘤及传染性疾病等重要疾病靶标蛋白开展药物设计及结构优化研究,基于计算模拟,发现了一系列活性化合物,推动完成了两项研究者发起的临床研究。发现了抗肿瘤潜在新靶标CorC和TRIP13的首个抑制剂。发现利胆老药柳胺酚在抗骨髓瘤方面的新用途、发现治疗HIV感染的老药奈非那韦在抗新冠肺炎方面的新用途,均已完成研究者发起的临床研究。
徐志建,中国科学院上海药物研究所研究员,国家优秀青年科学基金获得者。现任中国化学会计算(机)化学专业委员会委员,中国化学会高级会员,中国药学会高级会员,中国计算机学会会员。主要从事分子模拟及药物设计方面的研究工作,专注于分子模拟与药物设计新方法的发展,以及这些方法在药物发现方面的应用研究。
共发表论文156篇,其中SCI论文149篇,3篇论文的引用超过200次。申请国家发明专利51项,软件著作权6件。
(1)药物-靶标结合作用的理论研究。率先在药物设计中引入卤键,首次通过计算模拟阐明卤键作用与化合物成药性的关系,阐明了卤键作用的本质,帮助人们进一步理解IUPAC的卤键定义。在卤键方面的研究工作被得克萨斯大学Mahesh Narayan教授评价为教科书式的工作(Molecules 2017, 22 (9)),也被认为是最详实的计算工作(Chem. Eur. J. 2021, 27, 16530)。发现晶体结构数据中的非键相互作用(卤键、氢键、离子键等)被低估。
(2)药物设计方法发展与软件开发。开发了可以处理卤键的分子对接软件D3DOCKxb,将此软件移植到国产超级计算机上,一天可虚拟筛完4200万个化合物。开发了可以分析口袋动力学性质的软件D3Pockets,可以分析口袋的稳定性、连续性与相关性,被生物技术公司购买和使用,并入选《中国药物分子设计40年发展成就》。开发了基于人工智能的多模态药物-靶标关联预测技术MultiDTI,可以关联新化学实体和新靶标到已知的异构网络。开发了抗新冠肺炎药物靶标预测和虚拟筛选平台D3Targets-2019-nCoV。药物设计软件平台访问量合计超200万次。
(3)应用研究。针对肿瘤及传染性疾病等重要疾病靶标蛋白开展药物设计及结构优化研究,基于计算模拟,发现了一系列活性化合物,推动完成了两项研究者发起的临床研究。发现了抗肿瘤潜在新靶标CorC和TRIP13的首个抑制剂。发现利胆老药柳胺酚在抗骨髓瘤方面的新用途、发现治疗HIV感染的老药奈非那韦在抗新冠肺炎方面的新用途,均已完成研究者发起的临床研究。
研究兴趣
论文共 216 篇作者统计合作学者相似作者
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时间
引用量
主题
期刊级别
合作者
合作机构
International Immunopharmacology (2024): 112499
Xiaomei Li, Hui Zhang,Sanfeng Dong,Xuejie Gao,Haiguo Sun, Zhaoyin Zhou,Ke Hu,Shushan Guo, Qikai Zhang, Zhufeng Guo, Samuel Jacob Bunu,Jianming Zhu,Bo Li,Yong Zhang,Jingshan Shen,Haji Akber Aisa,Zhijian Xu, Haiyan Cai,Jumei Shi,Weiliang Zhu
BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY (2024)
Bixi Tang,Like Xie,Yangyang Wang,Yulong Shi,Weijuan Kan,Bo Feng, Chenxuan Lin,Zhijian Xu,Weiliang Zhu,Jia Li,Xuemei Zhang, Xiaoting Tian,Yi Zang
Journal of Ethnopharmacologypp.118780, (2024)
Journal of chemical information and modelingno. 3 (2024): 724-736
Acta biochimica et biophysica Sinicano. 2 (2024): 184-198
Qian Zhang, Wenhai Yin, Xinyao Chen,Aimin Zhou,Guixu Zhang, Zhi Zhao, Zhiqiang Li,Yan Zhang,Jingshan Shen,Weiliang Zhu,Xiangrui Jiang,Zhijian Xu
biorxiv(2024)
Yue Lai,Shushan Guo, Qiongwei Tang,Gaomei Chang,Hui Zhang,Bo Li,Qilin Feng,Ke Hu,Zhijian Xu,Xuejie Gao,Qikai Zhang,Hongfei Yi,Dongliang Song, Yifei Zhang, Yu Peng,Haiyan Cai,Weiliang Zhu,Jumei Shi
Archives of biochemistry and biophysics (2024): 109929-109929
Jiefang Zheng,Liping Zhou,Xudong Gong,Feipu Yang,Jiaxin Cheng, Rui Ma,Chunhui Wu,Zhijian Xu,Weiliang Zhu,Yang He,Jingshan Shen
EUROPEAN JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY (2024)
Jianfang Zhang, Kinga Virág Gulyás,Jintian Li,Minfei Ma, Liping Zhou,Leyun Wu,Ruisheng Xiong,Mate Erdelyi,Weiliang Zhu,Zhijian Xu
Computers in Biology and Medicineno. C (2024)
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作者统计
#Papers: 216
#Citation: 3309
H-Index: 31
G-Index: 51
Sociability: 7
Diversity: 0
Activity: 5
合作学者
合作机构
D-Core
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- 学生
- 导师
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