黄教授荣获诸多奖项，如英联邦卫生部长奖、黄斑协会Arnall Patz奖、美国爱尔康研究院奖、美国艾森豪威尔基金。多次受邀作为荣誉讲座主讲人，如De Ocampo Lecture & the Jose Rizal Medal Lecture、Tano Lecture、the Fred Hollows Lecture、the Sir Runme Shaw Memorial Lecture、the Sir Norman McAlister Gregg Lecture。

他是新加坡国立大学顶尖研究员，两次获得杰出研究员奖（2004年和2009年）及澳大利亚墨尔本大学Woodward Medal。2010年，被授予新加坡全国杰出临床医师科学家奖和新加坡总统科学奖；2014年，荣获新加坡总统科学与科技奖，此为表彰新加坡健康科学贡献的最高荣誉。

黄教授是新加坡国家科学院院士（该院仅有两名医师院士）。2020年，当选美国国家医学院外籍院士；2021年，当选澳大利亚健康与医学科学院外籍（通讯）院士。

2023年，黄教授获北京市人民政府授予的第16届北京市“长城友谊奖”。