我们主要关注肠黏膜组织中的和与慢性炎症相关的T细胞应答。
黏膜组织是包括细菌、真菌、病毒、寄生虫在内的多种病原体入侵的主要途径和寄生场所。该组织富集了大量功能各异的免疫细胞，时刻防备各类病原侵袭。与此同时，动物的消化道，尤其是大肠，是为数众多的共生微生物的定居场所。这些肠道共生微生物辅助宿主从食物中吸收营养物质，促进宿主免疫系统的成熟并维持其正常功能，它们的代谢产物进入宿主体内，影响多种生物学过程。因此，黏膜免疫系统在警惕病原体侵犯的同时，又要对共生微生物保持耐受。对黏膜共生菌群的过度反应，会导致以炎性肠病（inflammatory bowel disease, IBD）为代表的自身免疫疾病。我们将结合免疫遗传学、细胞生物学、基因组学等方法，研究不同免疫细胞特别是几种T细胞亚群在黏膜免疫中扮演的角色。

慢性炎症一直是人类健康的重要威胁， 严重影响患者的生活质量。包括炎症性肠病、类风湿性关节炎、多发性硬化在内的各种自身免疫性疾病，都属于慢性炎症范畴。统计表明，占总人口比例4%-5%的人群，会在一生中受到某种自身免疫性疾病的困扰，且近半个世纪来发病率在世界范围内逐年上升。此外，近几年的研究表明，神经系统的慢性炎症参与帕金森综合症、阿尔茨海默症等神经退行性疾病的发病。在免疫系统中，不同亚群的辅助T细胞（包括炎性Th1、Th17等）对慢性炎症的发病起到关键贡献，而调节性T细胞（regulatory T cells，Treg cells）抑制炎症反应，对维持组织稳态不可或缺。我们将研究各种T细胞亚群在慢性炎症中发挥的作用，以及它们受免疫系统其它组分调控的机制。

我们实验室所擅长的T细胞受体克隆分析、抗原表位鉴定等技术将在上述研究中发挥重要作用。
（2）II型免疫应答的先天识别机制。
根据应答效应和参与应答的淋巴细胞亚群的不同，免疫反应可被划分为三型：（1）负责对抗细胞内寄生的病原体（如病毒、结核杆菌）的I型免疫反应，参与应答的主要包括Th1细胞、CD8 T细胞、一型先天淋巴细胞（Type I Innate lymphoid cells, ILC1s）和自然杀伤（Natural Killer, NK）细胞；（2）负责对抗寄生虫侵染，并可导致过敏的II型免疫反应，参与应答的主要有Th2细胞、二型先天淋巴细胞（Type II Innate lymphoid cells, ILC2s）、和分泌IgE抗体的B细胞；（3）负责对抗胞外寄生的细菌和真菌的III型反应，参与者主要包括Th17细胞、三型先天淋巴细胞（Type III Innate lymphoid cells, ILC3s）等。在缺少佐剂（adjuvant）辅助的情况下，单纯使用经过纯化的抗原蛋白，无法有效地诱导任一类型的免疫应答。据此，Charles Janeway Jr. 在1989年预见性地推断了先天免疫受体假说——先天免疫系统识别微生物的特征，进而有针对性地指导不同类型的效应应答。Jules Hoffmann于1996年在果蝇中发现了第一个先天免疫受体——Toll样受体（Toll-like receptor, TLR），Bruce Beutler于1998年报道了第一个哺乳动物先天免疫受体TLR-4，以实验证实了Janeway的假说。此后，识别各类病原相关分子模式（Pathogen-associated molecular patterns, PAMPs）的多个家族的先天免疫受体相继被发现，它们的识别机制逐步被解析。同时， 先天免疫受体在识别各种病原特征之后，如何特异指导下游不同类型的效应应答，也获得了一定程度的阐释。遗憾的是，目前已知的先天免疫识别机制，均是指导I型和III型免疫反应，而我们对指导II型免疫反应的先天识别原理几乎完全没有了解。因此，我们实验室计划通过遗传学的方法寻找诱导II型免疫应答的先天免疫识别机制，并运用动物模型研究相关分子在各种生理、病理过程中的功能。这个方向的研究有可能为开发针对II型免疫反应导致的疾病（如过敏性哮喘等）的新疗法提供理论依据。