米国National Science Foundation大統領奨励賞（1988）、日本 IBM 科学賞（2002）、科学技術政策担当大臣賞（2004）、文部科学大臣表彰科学技術賞（2007）、 International　Society of Metabolomics功労賞（2009）、福澤賞（2009）、大学発ベンチャー表彰特別賞（2014）、Audi Innovation Award（2016）、鶴岡市市政功労者（2016）、国際メタボローム学会終身名誉フェロー（2017）、山形県特別功労賞（2017）、第68回河北文化賞（2019）、第5回バイオインダストリー大賞（2021）、第27回安藤百福賞大賞（2023）、鶴岡市名誉市民（2023）などを受賞。

慶應鶴岡発ベンチャー企業「ヒューマン・メタボローム・テクノロジーズ（株）」を創業し、2013年東証マザーズ上場。人工タンパク質素材の「スパイバー（株）」社外取締役。唾液でがん検査の「サリバテック社」、便検査で腸内環境評価の「メタジェン」など、計9
社の慶應鶴岡発ベンチャーを創業または創業支援。