Realizó la licenciatura en la Facultad de Ciencias de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM), donde obtuvo el título de biólogo, realizó una maestría en ciencias en el Colegio de Postgraduados de Chapingo, y un doctorado en la Universidad de Gales, en la Gran Bretaña. El doctor José Sarukhán es miembro de El Colegio Nacional desde el 26 de julio de 1987. Su conferencia inaugural, las dimensiones biológicas: el tiempo ecológico y el evolutivo fue contestada por el doctor Adolfo Martínez Palomo.1​ Es miembro del Consejo Consultivo de Ciencias de la Presidencia de la República.4​ Es doctor honoris causa por la Universidad de Colima y por la Universidad La Salle de la ciudad de México.5​

El Dr. José Sarukhán es Vicepresidente de Honor de la Asociación Mares de México, de la cual es presidente de honor el Dr. Mario Molina, premio Nobel de química en 1995. Actualmente es Coordinador Nacional de CONABIO.
Taylor Environmental Achievement Award 2017.