王健君近年来主要开展冰晶形成分子机制研究及控冰新材料的创制，并应用于防覆冰涂层与细胞、组织和器官的低温保存等领域。共申请PCT专利9项，授权中国发明专利44项，系列研究成果发表于Nature、Angew.等期刊，SCI 收录约110余篇。多次受邀参加美国高登会议等国际会议，并作特邀报告或大会报告。目前担任《高分子学报》编委，韩国高丽大学冰水研究中心顾问，中国科学院分子科学中心第五届学术委员会委员，中国化学会第十三届理事会高分子学科委员会委员等。