蛋白质组学研究是后基因组时代最前沿和最热点的研究领域之一，人类蛋白质组计划是人类基因组计划完成后揭示生命奥秘的又一伟大计划。在这一热点领域中，基于色谱和质谱的分析化学新技术发展正在直接推动人类蛋白质组分析的深度和广度。本课题组将分析化学、微纳材料科学以及系统生物学等多学科交叉融合，重点发展蛋白质研究的分析新方法、新技术，用于解决重大疾病蛋白质组研究中所面临的瓶颈问题，如蛋白质定性分析灵敏度低、蛋白质翻译后修饰鉴定选择性低，定量分析准确度低和通量低的问题。

本课题组近年来以分析化学的方法学研究（主要聚焦样品预处理、色谱、质谱和数据处理方法）为基础，对临床和生物样品中的蛋白质进行分析鉴定，为重大疾病的诊断和分子机制研究提供手段。发展了系列蛋白质定性和定量分析的新方法，涉及通过同位素标记、酶促标记和细胞代谢标记等实现低丰度蛋白质和蛋白质翻译后修饰（糖基化、棕榈酰化、HNE、磷酸化、亚硝基化、蛋白质C/N端等）的定性和定量分析，如引入化学反应针对蛋白质活性基团进行小分子化学衍生实现高灵敏和高选择性的分析、对纳米材料进行功能化衍生对蛋白质翻译后修饰实现高效选择性分离，发现了大肠癌等重大疾病相关的新蛋白质和新的修饰和修饰位点。