La grossesse est une situation physiologique caractérisée par une phénotype tolérogène du système immunitaire. Chez les patientes atteintes de lupus érythémateux systémique (LES), la grossesse est associée à un risque accru de poussée, tandis que dans la polyarthrite rhumatoïde (PR), la grossesse est associée à une plus faible activité inflammatoire. Cependant, les déterminants moléculaires de ces différences sont inconnus. L’objectif de cette étude était d’évaluer prospectivement la signature transcriptomique et microRNA des monocytes circulants durant des grossesses de donneuses saines, de PR ou de LES. Des donneuses enceintes saines ou atteintes de PR ou de LES étaient inclues en préconceptionnel et suivies prospectivement durant la grossesse jusqu’à 3 mois post-partum, pour 7 visites/prélèvements au total. À chaque visite, les monocytes étaient triés à partir du sang total par un tri magnétique CD14 (Miltenyi) et l’ARN total était extrait par un kit commercial (Qiagen). Le transcriptome était étudié par RNAsequencing par le biais d’un séquenceur haut débit SOLID 5500 (Life technologies) avec un séquençage « paired end ». Les données de séquençage étaient traitées à l’aide du pipeline nf-core/rnaseq, version 3.10.1. Au sein de ce pipeline, STAR a été employé pour l’alignement des séquences, tandis que Salmon était utilisé pour la quantification des ARN, aboutissant à une matrice d’expression. Pour les miRNA, mirdeep2 était utilisé pour générer la matrice d’expression. Dans les étapes ultérieures, DESeq2 a été employé pour l’étude de l’expression différentielle. Pour les analyses d’enrichissement et les prédictions des régulateurs, le logiciel Ingenuity Pathway Analysis a été employé afin de décrypter les variations d’expression constatées. Les p-value étaient corrigées par la méthode de Benjamini-Hochberg. Six patientes atteintes de LES, quatre de PR et cinq donneuses saines étaient inclues. Dans la grossesse physiologique, la transcriptomique monocytaire était caractérisée par une signature anti-inflammatoire (diminution significative des voies TNFα et CD40L, p < 10-11 et p < 10-10, respectivement). De manière similaire, les grossesses de patientes atteintes de PR présentaient une signature transcriptomique anti-inflammatoire diminution significative des voies TNFα, IL1ß, p < 10-7 et p < 10-8, respectivement). En comparaison, les patientes atteints de LES présentaient une signature transcriptomique pro-inflammatoire durant la grossesse activation significative des voies IL1ß, IFNγ, p < 10-12 et p < 10-10, respectivement). Cette signature pro-inflammatoire de la grossesse lupique persistait après l’exclusion de la patiente ayant présenté une poussée durant la grossesse. L’activité du LES (évaluée par le SLEDAI) était positivement corrélée à une signature TGFß et IFNγ (p < 10-10 et p < 10-8, respectivement) tandis que l’activité de la PR (évaluée par le DAS28-CRP) était positivement corrélée à une signature TNFα et IL-6 (p < 10-37 et p < 10-22, respectivement). L’analyse des données miRNA est en cours, et pourrait expliquer les différences transcriptomiques observées entre PR et LES. Il s’agit de la première étude évaluant prospectivement la signature transcriptomique et miRNA des monocytes dans les maladies immunomédiées. Les grossesses de LES présentent une signature transcriptomique diamétralement opposée à celles de PR ou de donneuses saines. Ces résultats pourraient permettre de comprendre l’origine des poussées durant les grossesses de LES, mais également de développer des biomarqueurs prédictifs de poussée durant la grossesse lupique.