方方教授所获学术荣誉和奖励包括：北京大学百人计划 (2007年)、国家自然科学基金委杰出青年科学基金 (2009年)、中国青年科技奖 (2011年)、北京大学教学优秀奖 (北京大学，2011年、2017年)、教育部长江学者特聘教授 (2011年)、北京大学王选优秀青年学者奖 (2012年)、国务院政府特殊津贴 (2014年)、科技部中青年科技创新领军人才 (2014年)、百千万人才工程国家级人选 (2015年)、国家有突出贡献中青年专家 (2015年)、国际心理科学联合会青年科学家奖 (2016年)、万人计划科技创新领军人才 (2016年)、美国心理科学学会会士 (2018年)、中国神经科学学会首届中国神经科学重大进展 (2020年)、国家级线下一流课程《普通心理学》负责人 (2020年)、北京市教育教学成果一等奖 (2021年)、第九届广东省哲学社会科学优秀成果奖一等奖 (2021年)、教育部高等学校科学研究优秀成果奖 (科学技术)一等奖 (2022)、北京大学优秀研究生指导教师 (2023)。