Egon Stahl besuchte die Volks- und Oberschule in Eberbach und ab 1937 die Oberrealschule in Karlsruhe. Im Februar 1943 absolvierte er das Abitur. Er wurde unmittelbar danach zur Wehrmacht eingezogen, an Ost- und Westfront mehrmals schwer verwundet und geriet kurz in französische Kriegsgefangenschaft, aus der er noch 1945 entlassen wurde. Egon Stahl begann mit dem Studium der Pharmazie an der Universität Karlsruhe im Jahr 1947. 1950 legte er das Staatsexamen ab und erhielt die Bestallung als Apotheker. Ebenfalls im Jahr 1950 heiratete er die Apothekenassistentin Liselotte Hemberger. Im August 1952 wurde er zum Dr. rer. nat. promoviert. Die Arbeit mit dem Titel "Untersuchungen über die Drüsenhaare, das Azulen und das ätherische Öl der Schafgarbe (Achillea millefolium L.)" hatte er bei Ulrich Weber am Botanischen Institut der Universität Karlsruhe angefertigt. Ab 1954 war er wissenschaftlicher Assistent in Karlsruhe, nachdem er vorher schon seit 1950 eine Assistentenstelle verwaltet hatte. Im Jahr 1954 verbrachte er einige Monate im elektronenmikroskopischen Laboratorium der ETH Zürich bei Albert Frey-Wyssling. Nachdem sein Mentor Ulrich Weber in Karlsruhe verstorben war, wechselte er an die Johannes Gutenberg-Universität Mainz und habilitierte sich im Jahr 1957 am dortigen Pharmazeutischen Institut bei Hans Rochelmeyer mit einer Schrift „Über die Vorstufen des Chamazulens, ihre Bildung in den Schafgarbendrüsen und deren Bedeutung“. Sein Habilitationsvortrag betraf sein zukünftiges Forschungsfeld: „Dünnschicht-Chromatographie und ihre Anwendung“. 1958 wechselte er an das Botanische Institut der Universität des Saarlandes in Saarbrücken, wo er sich für die Fächer Pharmakognosie und Botanik umhabilitierte. 1959 wurde er zum Dozenten ernannt, 1961 zum Extraordinarius und 1965 schließlich zum Ordinarius und Direktor des Instituts für Pharmakognosie und Analytische Phytochemie. An der Universität des Saarlandes wirkte er bis zu seiner Emeritierung am 1. Oktober 1985. Von 1967 bis 1972 leitete er dort das Akademische Auslandsamt und den Ausschuss für akademische Auslandsfragen. Nach seiner Emeritierung kehrte er in seinen Geburtsort Eberbach zurück. Anlässlich seines 60. Geburtstages 1984 stiftete er den Egon-Stahl-Preis, den heute die Gesellschaft für Arzneipflanzen- und Naturstoff-Forschung e.V. an Nachwuchswissenschaftler aus diesem Forschungsgebiet vergibt. Den Egon-Stahl-Preis in Gold erhalten Wissenschaftler für ihr Lebenswerk in der Pharmakognosie.