Neben der Ausbildung des tierärztlichen Nachwuchses sowie diagnostischen und forschenden Aktivitäten in der Medizin von Haus-, Nutz-, Zoo- und Wildtieren arbeitet Gruber seit seiner Promotion in der molekularen und vergleichenden Pathologie. Er arbeitete über die CLCA-Genfamilie, deren erster Vertreter 1995 kloniert wurde. Daneben forscht er seit 2003 über Immunmechanismen von Schleimhäuten und der Lunge im Rahmen von durch die Deutsche Forschungsgemeinschaft geförderten Sonderforschungsbereichen sowie über Nanocarrier bei der Therapie von entzündlichen Hautkrankheiten. Darüber hinaus resultierten aus seinen diagnostischen Aktivitäten und Kooperationen mehrere Einzelforschungsprojekte, wie bei der Entdeckung und Charakterisierung eines neuen Parasiten aus der Gruppe der Kokzidien namens Sarcocystis Calchasi, welcher Tauben befällt.