二代测序技术检测宏基因组18s rDNA V4用于溺死检验的研究

目的:探索通过使用二代测序结合DNA条形码技术检测溺死实验家兔样品及水样中浮游生物的种属信息进行溺水诊断的新方法.方法:在不同河流、湖泊取样,percoll分离水样及溺死实验家兔肺脏和心血样品中的浮游生物.抽提DNA后分别用D534f/D729r引物对PCR扩增以及D29f/D1198r联合D534f/D729r引物对巢氏PCR扩增;扩增产物二代测序(Illumina MiSeq平台).测序数据用MOTHUR软件包进行生物信息学分析后,进行相似性分析(analysis of similarity,ANOSIM)、主成分分析(principal component analysis,PCA)和现代相似性技术(modern analog technique,MAT)分析.结果:溺死家兔肺脏内浮游生物DNA用D534f/D729r引物对PCR扩增,二代测序检出的优势真核浮游生物在取样点水样中检出.肺脏样品中检出的真核浮游生物信息能反映淹溺水样中真核浮游生物构成的差异.溺死家兔心血中收集的浮游生物量少,DNA经巢氏PCR扩增,二代测序检出的优势原生生物、植物界物种均为淹溺水样中的物种.因检出物种少,无法进行心血样品与水样一致性的分析.结论:本研究建立的方法能成功检测出溺死过程中进入实验动物体内的真核浮游生物的种属信息,并据此对溺死动物样品与淹溺水样之间的关系进行分析判定.