水牛DDR1基因生物信息学及细胞学功能分析

为了了解水牛DDR1蛋白的生物信息学和细胞学功能,试验采用ProtParam、ProtScale、SOPMA、SWISS-MODEL、PSORT Ⅱ Predictio、NetPhos 3.1 在线软件对水牛 DDR1 蛋白进行生物信息学分析,采用基因干扰的方法研究水牛DDR1基因对水牛乳腺上皮细胞增殖、凋亡、基因表达和迁移的影响.结果表明:水牛DDR1蛋白由915个氨基酸组成,分子式为C4538H7029N126101287 S43,分子量为101 222.99 u,半衰期为30 h,理论等电点为6.22,属于酸性、不稳定、可溶性蛋白质.DDR1蛋白的二级结构由256个αt-螺旋(27.98％)、175个延伸链(19.13％)、55个β-折叠(6.01％)、429个无规则卷曲(46.89％)构成.亚细胞定位于内质网(44.4％)、高尔基体(33.3％)和质膜中(22.2％)中.DDR1蛋白共含有65个磷酸化位点,其中丝氨酸磷酸化位点35个,苏氨酸磷酸化位点18个,酪氨酸磷酸化位点12个.DDR1基因的最佳干扰片段为siDDR1-1,最佳干扰时间为48 hoDDR1基因干扰72小时时可极显著抑制水牛乳腺上皮细胞的增殖(P＜0.01).DDR1基因干扰显著或极显著上调凋亡相关基因 BCL-2(P＜0.01)、XIAP(P＜0.05)、TP53(P＜0.01)和增殖相关基因 CCND1(P＜0.01)的表达,下调凋亡相关基因CASPASE3(P＜0.05)和CCDB1(P＞0.05)的表达,但对细胞凋亡率的影响不显著(P＞0.05).此外,DDR1基因干扰可极显著降低水牛乳腺上皮细胞的迁移率(P＜0.01).说明DDR1基因干扰可极显著影响水牛乳腺上皮细胞的增殖和迁移.