贵州杂交黄牛MSTN基因cDNA克隆、生物信息学及多态性分析

为比较贵州杂交黄牛肌肉生长抑制素(Myostatin,MSTN)性质、结构和多态性与本地黄牛的差别,该研究先通过RT-PCR克隆MSTN基因cDNA并进行生物信息学分析,再通过PCR-SSCP结合直接测序法筛查贵州本地黄牛和杂交黄牛MSTN基因外显子多态性.结果在贵州杂交黄牛MSTN基因CDS区序列发现4个突变位点,其中3个为错义突变:76 bp处G/A替换,引起天冬酰胺变为天冬氨酸;79 bp处G/A替换,引起丝氨酸变为甘氨酸;1 066 bp处G/A替换,引起谷氨酸变为赖氨酸.267 bp处G/A替换与525 bp处A/G替换,为同义突变.MSTN蛋白基本理化性质和结构与普通牛基本一致,但有细微的差别;通过基因同源性和系统进化树,结合motif、蛋白保守域和结构域分析,可知MSTN基因在哺乳动物中高度保守,但也存在遗传多样性.贵州本地黄牛外显子发现3个SNP位点,分别为g.6279107 G＞C、g.6281238 T＞C和g.6283933 A＞C,贵州杂交黄牛中未发现多态位点.单倍型分析共发现6种单倍型和14种双倍型,双倍型H3H5频率最高,且杂交牛的双倍型均为H3H5,之后可一步将此与生长性状进行关联分析研究.