肾小管间质性肾病基因-表型关联性分析

目的:筛选肾小管间质性肾病遗传变异枢纽基因.方法:对经肾活检证实且无明确病因的24例肾小管间质性肾病患者进行全外显子组测序,应用Phenolyzer数据库进行基因-表型关联评分,筛选其共有的罕见遗传变异,利用DAVID 6.8数据库进行基因功能通路富集分析.应用String数据库构建PPI网络图,并使用Cytoscape中的插件cytoHubba进行可视化分析,寻找枢纽基因.应用SWISS-Pdb Viewer软件分析枢纽基因突变前后表达蛋白三级结构的变化.结果:24例中女9例,男15例,年龄18～40(26.17±8.82)岁.全外显子组测序检测出19例患者携带致病或可能致病的基因突变位点,共发现35个肾小管间质性肾病易感基因,其在TGF-β信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路中富集.PPI网络和Cytoscape分析筛选出4个枢纽基因,即VCP、PRKDC、RB-PJ、MYH11,且VCP基因突变造成蛋白质空间结构和功能的改变.结论:肾小管间质性肾病易感基因主要富集在离子跨膜转运的调节、蛋白质转运的调控、蛋白质磷酸化等生物过程,TGF-β信号通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路中.VCP基因可能与肾小管间质性肾病有关.