撒坝猪与大白猪背脂差异circRNA筛选与调控网络分析

为探究撒坝猪背脂中circRNAs的表达模式与背脂沉积的关系,本研究采用RNA-seq和生物信息学方法筛选撒坝猪和大白猪背部皮下脂肪组织差异表达circRNA,使用MiRanda预测circRNA与miRNA的靶向关系,TargetScan和miRDB预测miRNA的靶基因,对靶基因进行GO和KEGG富集分析,构建与脂质代谢相关的circRNA-miRNA-mRNA互作网络.结果显示:以|log2fold change|≥1 且Padj＜0.05 筛选到 27 个差异表达circRNA,在撒坝猪中上调 7 个,下调 20 个;GO和KEGG富集分析显示,靶基因主要富集在PI3K-Akt信号通路等与脂质代谢相关的过程;circRNA-miRNA-mRNA互作网络显示,novel_circ_0003253 上调,靶向miR-148a-3p和miR-182 下调,靶基因ROCK1和SNAP23表达上调,促进脂肪生成相关基因表达,可能导致脂肪沉积速率增加,脂肪生成增多,脂滴和脂肪细胞直径增大;novel_circ_0002314下调,靶向miR-29b上调,靶基因SPARC下调,可能促进皮下脂肪细胞增殖.随机挑选了novel_circ_0003253 和novel_circ_0014367 进行qRT-PCR验证,定量验证结果与转录组测序结果一致.综上,本研究利用RNA-seq技术筛选到 2 个撒坝猪与大白猪背脂差异circRNA,为解析地方猪种脂肪沉积的调控机制、撒坝猪的遗传改良提供了参考信息.