鸡IFITM3基因编码区克隆及生物信息学分析

为探究鸡IFITM(Interferon-Induced Transmembrane,IFITM)3基因SNPs(Single Nucleotide Polym orphisms,SNPs)位点的多态性,挖掘其潜在的功能性位点,本研究对鸡IFITM3基因编码区进行克隆,结合多种生物信息学方法对蛋白nsSNPs(nonsense-SNPs,nsSNPs)位点及基因的选择压力进行综合分析.结果显示:本研究克隆了IFITM3基因编码区,为414 bp,共编码137个氨基酸;该蛋白质为稳定的、非分泌型、疏水性小分子跨膜蛋白,并具有磷酸化、糖基化、棕榈酰化修饰位点.本研究发现5个SNP,其中SNP1在测序鸡种中已经固定,不具有多态性;其余4个SNP的多态性在测序鸡种的群体中存在差异,且都属于中性位点.分析发现:鸡IFITM3基因存在2个nsSNPs位点,其中V103I突变对蛋白的影响程度低,是非保守性的中性位点.H126P突变可能改变位点的氢键数目降低蛋白的分子间作用力,影响蛋白空间结构的稳定性.IFITM3编码区序列十分保守,在禽类的选择压力分析中,只检测到120V位点.综上所述,H126P位点可作为优良鸡种免疫分子选育的潜在功能性位点.