基于GEO数据库的膀胱癌差异表达基因的生物信息学分析

目的 通过综合生物信息学分析确定与不良结果相关的膀胱癌的重要基因,并阐明可能的分子机制.方法 从GEO数据库下载数据集(GSE7476,GSE37815和GSE13507)利用GEO2R在线工具筛选出差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs).利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论(GO)注释以及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集,利用STRING数据库构架蛋白互作网络(PPI),利用Cytoscape软件进行可视化并利用MCODE插件筛选网络中的关键功能模块,结合Kaplan-Meier plotter数据库对筛选出的DEGs进行预后分析.结果 共筛选出101个DEGs,其中95个上调,6个下调;通过对TPM1、ACTC1、ACTA2等9个关键基因进行预后分析发现这9个关键基因的上调差异表达均影响膀胱癌患者的总体生存率.结论 TPM1、ACTC1、ACTA2、TPM2等DEGs可能参与了膀胱癌的发生发展,并与膀胱癌预后不良有关,具备作为膀胱癌潜在生物标志物和治疗靶点的潜力.