别样玫瑰变色杆菌(Aliiroseovarius sp.)Z3基因组测序及比较基因组分析

菌株Z3是一株从凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)肠道样品中分离出的细菌.本研究利用Illumina HiSeq测序平台对其进行了测序,用SOAPdenovo等软件进行基因组组装、系统发育分析、基因预测和功能注释,并与别样玫瑰变色杆菌属(Aliiroseovarius)已知的5个种的模式株进行了比较基因组分析.基因组注释结果显示,Z3基因组大小为3525503bp,GC(guanylate and cytidylic acid)含量为59.4％,预测包含3509个编码蛋白基因.通过16S rRNA基因全长序列比对、平均核苷酸一致性(ANI)、DNA-DNA杂交(DDH)和共线性分析发现,菌株Z3与Aliiroseovarius crassostreae CV919-312T的16S rRNA基因全长序列相似度最高,为98.20％,与Aliiroseovarius sediminilitoris DSM 29439T的DDH和ANI值最高,分别为26.80％和84.95％,属于Alliroseovarius属的新种,将其命名为Aliiroseovarius sp.Z3.经比较基因组分析发现,Aliiroseovarius sp.Z3与5个近缘的模式株细菌共享2005个直系同源核心基因簇;Z3拥有的413个独立基因经注释,主要与碳水化合物转运与代谢、氨基酸转运与代谢、复制、重组及修复等功能相关.功能注释发现Z3具有进行完整的反硝化途径的相关基因,其利用的可能是环境中的硝酸盐、亚硝酸盐等.本研究对Z3全基因序列的注释、功能和比较基因组的分析,不仅丰富了Aliiroseovarius属细菌基因组资源,还为深入研究其反硝化特性等提供了基础.