基于NCBI香葱转录组数据库的SSR标记开发

为了明确香葱转录组中SSR的总体分布特点,开发香葱EST-SSR标记用以香葱遗传多样性研究,本研究从NCBI数据库上获取葱属转录组数据(SRR3144570)并利用MISA软件筛选香葱转录组测序,共获得94 805条转录本序列,检测出9 511个SSR位点,SSR出现频率为10.03％.在搜索的6种SSR位点类型中,1～3个核苷酸重复类型为香葱SSR重复的主要类型(占98.63％),其中单核苷酸占55.80％、二核苷酸占21.32％、三核苷酸重复类型占21.51％.SSR重复基元主要有41种,其中以一核苷酸重复基元类型A/T(55.01％)、二核苷酸重复基元类型AC/GT(8.11％)和AT/AT(7.95％)频率最高.分析得到转录组SSR重复序列的长度在10～158 bp之间,平均长度为53.23 bp.根据这些SSR位点,利用Primer Premier 3.0进行引物开发,共设计出9 492对SSR引物.随机选取200对引物,其中有197对能进行有效扩增,占选取SSR引物对的98.5％,同时37对引物在6份表型差异显著的香葱种质资源中呈现多态性.采用该37对引物对56份香葱种质鉴定多样性,发现在相似系数为0.68时,可将56份香葱种质分为4个类群,聚类结果与表型结果一致.以上结果表明,基于NCBI数据库香葱转录组测序开发的SSR标记丰富了香葱的分子标记数量,为香葱遗传多样性分析、种质资源鉴定提供充足可靠的标记来源.