人肝内胆管癌细胞株RBE的基因表达

目的 通过比较肝内胆管细胞癌RBE细胞株中NCAM+ c-Kit+与NCAM-c-Kit-的全基因组表达差异,筛选出与干细胞信号通路相关的差异基因,进一步揭示肝内胆管癌发生、发展的内在分子机制.方法 培养RBE细胞株,用免疫磁珠分选出NCAM+ c-Kit+ RBE与NCAM-c-Kit-RBE亚群,采用Agilent人全基因组表达谱芯片对NCAM+ c-Kit+ RBE与NCAM-c-Kit-RBE进行检测.通过SAS系统分析,得到两者干细胞信号通路的差异表达基因,进一步采用实时-PCR技术验证芯片结果.结果 芯片筛选出NCAM+ c-Kit+ RBE与NCAM-c-Kit-RBE亚群之间的差异基因共7270条[变化倍数(fc)≥2或fc≤0.5].与NCAM-c-Kit-RBE相比,NCAM+ c-Kit+ RBE上调基因3572条,下调基因3698条.其中干细胞信号通路相关差异基因共421条(fc≥2或fc≤0.5),上调基因231条,下调基因190条.结论 高通量芯片能够筛选出NCAM+ c-Kit+ RBE与NCAM-c-Kit-RBE大量的差异基因.SAS分析系统能进一步分析与干细胞信号通路相关的差异基因.