基于转录组测序的花椒属物种EST-SSR标记开发

[目的]开发适用于花椒(Zanthoxylum bungeanum)和竹叶花椒(Zanthoxylum armatum)的EST-SSR引物,为花椒属物种的鉴定及遗传多样性探究提供分子标记.[方法]对花椒和竹叶花椒分别进行转录组测序(RNA-seq),基于得到的EST序列开发SSR引物.在2种花椒的EST-SSR引物中分别随机挑选60对引物,用12份材料(4份花椒和8份竹叶花椒)为样本,利用琼脂糖凝胶电泳验证其特异性.从有特异性条带的引物中,再随机选取花椒和竹叶花椒SSR引物各15对,选取6个(2份花椒和4份竹叶花椒)样本,利用聚丙烯酰胺银染电泳进行多态性检测.[结果]花椒共有64 944条Unigene,碱基对长度共54 073 890 bp,含有12 746个SSR位点,分布在10 595条Unigene上,SSR位点出现频率为19.63％,平均分布距离4.24 kb.竹叶花椒Unigene共75 669条,碱基对长度58 975 053bp,共15 096个SSR位点,分布在12 612条Unigene上.SSR位点出现频率为19.95％,平均分布距离为3.91 kb.60对花椒引物中,有46对成功扩增出特异性条带,扩增效率76.67％;60对竹叶花椒引物中,有41对扩增出特异性条带,扩增效率68.33％.花椒和竹叶花椒的特异性条带大小在100～300 bp,主要集中在150～250 bp.多态性验证试验中,15对花椒引物中有12对产生了多态性条带,多态率80.00％;15对竹叶花椒引物中则有14对产生了多态性条带,多态率93.33％.[结论]基于花椒和竹叶花椒转录组高通量测序结果开发的EST-SSR分子标记引物,具有较明显的特异性和多态性.