不同鸡种BF2基因序列比较分析

利用目标区域捕获测序技术对BF2(Major histocompatibility complex class I antigen BF2)基因进行序列测定,找出不同鸡种BF2基因序列上的差异.以NCBI网站上Gallus _gallus-5.0的BF2基因序列为参照标准.利用MEGA6.06软件对25个鸡种的基因序列进行比对分析,统计SNPs位点和Indel位点,并构建系统进化树进行分析.结果表明:在BF2第2、3外显子上分别存在22和31个有义突变,占BF2基因全部有义突变的78％,表明BF2基因的第2、3外显子起重要作用且拥有丰富的多态性.第5、6、7外显子属于保守区域.25个鸡种大致可被分为3大类:鹿苑鸡、如皋黄鸡、溧阳鸡和太湖鸡等聚为一类;罗斯鸡和隐性白羽肉鸡等聚为一类;雪山鸡和广西黄鸡等聚为一类.表明中国地方鸡品种间的同源性较小,BF2基因在不同鸡种上具有丰富的遗传多样性,在第2外显子上C/T突变和第3外显子上A/C突变可作为BF2基因有关抗病的候选SNPs位点.