朱亦鸣以实用化的太赫兹成像系统和成谱系统为主线，作为太赫兹团队负责人带领团队成功申请到“太赫兹波谱与影像技术省部共建协同创新中心”“国家111太赫兹精准生物医学技术创新引智基地”，“上海市太赫兹波谱与影像技术协同创新中心”，“上海理工-莫斯科大学太赫兹技术创新国际联合实验室”；与“是德科技公司”(原安捷伦科技有限公司)共建“上海理工-安捷伦太赫兹联合实验室”(是德科技捐赠1750万设备用于科研)；在“上海市张江国家自主创新示范区重大专项-太赫兹技术产品中试基地”中担任技术负责人。

在科研项目方面，作为负责人承担国家及地方课题项目二十余项，其中包括主持1项国家863计划，主持3项国家自然科学基金，作为子项目负责人承担国家重大基础研究项目973计划1项、国家重大科学仪器设备开发专项2项等。在上述项目的支持下，取得了多项具有自主知识产权的研究成果，先后研发出了“主动式太赫兹人体安检成像系统”，“基于太赫兹技术的食用油品质检测仪”，并已经出口巴基斯坦等国。在论文发表方面，以第一作者或通讯作者在SCI杂志发表论文八十余篇(其中光学领域前5%的共40余篇)其中包括ESI论文2篇。累计授权发明专利40余项，其中7项被转让或授权使用，累计经费达3064万。

朱亦鸣现为国际红外与太赫兹学会（IRMMW-THz）评奖委员会委员、中国仪器仪表学会理事、中国光学工程学会理事、中国电子学会青年科学家俱乐部理事、中国青年科技工作者协会委员。

朱亦鸣2008年荣获上海市“曙光学者”称号，2009年荣获上海市“浦江人才”称号，2012年获得教育部“新世纪人才”称号，2012 年获得“上海市五四青年奖章”，2012年主讲课程获得“上海市全英示范性教学课程”，2013年获得“宝钢优秀教师奖”，2014年获得“上海市优秀学术带头人”，2016年获得“上海市领军人才”和“青年长江学者”称号，2017年获得“国家优秀青年科学基金”支持，2017年获得“国家百千万人才（国家级）”称号，2018年获得“国家中青年科技创新领军人才”，2019年获得“国务院特殊津贴”和入选第四批“国家万人计划”。