杨晓明先后在PNAS、CDD、JBC等刊物发表论文80余篇，SCI引用达270次。2006年他成为“973”“肝脏蛋白质组重要科学问题”首席科学家，为贺福初院士团队获得“国家优秀人才群体奖”、全军首届“军队科技创新群体奖”作出了突出贡献。面对荣誉杨晓明却丝毫不谈自己：“我的每一个进步都离不开军队良好的人才政策，离不开医科院良好的科研环境，离不开几代科学家的深厚积淀，离不开团队成员的共同努力。”