基础研究方面，孙英贤长期以蛋白质翻译后修饰在心血管相关疾病以及靶器官损伤保护中的作用为出发点，带领团队成员发现一条全新的高血压靶器官损伤信号转导通路SIRT2-BAG3-WWP2-PARP1-Septin4，确定了6个修饰位点，为靶向治疗心血管相关疾病提供新策略及理论依据。在高血压肾损伤中，SIRT2对Septin4去乙酰化调控作用及分子机制，同时发现氧化应激是Septin4-K174Q导致高血压肾损伤的根本原因，以上研究为该疾病靶向治疗以及靶向药物研发提供理论依据；团队首次发现BAF155-K948R被泛素化以修饰PARP1，并与SIRT2协同作用以防止心脏重塑。