近十年来，在学科带头人孙水林教授带领下，南昌大学第二附属医院感染性疾病科在临床、教学和科研上取得了飞速发展。科室获国家自然科学基金 2 项，在包括 Hepatology 等高质量 SCI 期刊上发表论文 13 余篇，北大核心期刊上发表论文 50 多篇；科室承担江西省科技厅重点项目 2 项，江西省科技厅一般项目 6 项，江西省教育厅重点项目 3 项，江西省教育厅一般项目 4 项，江西省卫健委课题 26 项，南昌市科技局项目 3 项，获科研奖励 10 项，包括教育部教学成果二等奖、国家精品在线课程一项、江西省科技进步三等奖 2 项、江西省教学成果一等奖、江西省教学成果二等奖、江西医学科技奖、江西省教育厅科技成果三等奖、南昌大学教学成果一等奖 3 项，南昌大学教学成果二等奖等，2016 年，科室在江西省感染病科技影响力排行榜上排名第二。