冯圣中主持多项国家科研项目，包括863重点项目、国家自然科学基金前沿探索项目。作为课题负责人，参与863重大专项“曙光4000系列超级计算机”、国家自然科学基金重大专项“基于网络的科学计算环境”、中国科学院重大专项“生物信息处理专用机”项目。获国家科技进步二等奖1项、部委科技进步奖多项，获首届“春晖杯”创新创业大赛一等奖。发表SCI/EI收录论文30余篇。