O seu principal tema de pesquisa é a regulação da expressão gênica. Possui 99 trabalhos em revistas científicas internacionais de alto impacto. Colaborou na organização do Programa Genoma FAPESP, estruturando o projeto de seqüenciamento do genoma da bactéria Xyllela fastidiosa. Nesse projeto coordenou um dos laboratórios centrais responsáveis pelo treinamento dos grupos da rede ONSA.