陈立功博士主要研究重要转运蛋白的生理和药理功能，首次发现了多种转运蛋白的内源性底物以及他们在免疫、神经系统和代谢性疾病中的致病机理以及潜在的药物靶点，2019年分别发现神经外单胺转运蛋白SLC22A3调节白色脂肪组织米色化进而影响机体产热和脑部智力和认知发育重要转运蛋白SLC6A8调节肌酸转运影响巨噬细胞极化和免疫反应；2018年分别发现氨基酸转运蛋白和脂代谢通路在肝癌中的重要功能和潜在治疗途径；2017年与交叉信息学院合作提出人工智能和机器学习预测药物靶点；2014年提出抑制OCT1治疗脂肪肝新型策略。这些工作均引起广泛关注和引用，多次受到Science, Scientific American和F1000作为研究亮点进行报道；在博士期间，阐述了离子通道GABAA受体拮抗剂的结构和功能活性关系，提出“多样性结构拮抗剂结合同一位点”的假说，获得PNAS高度评价和特别报道。近年来先后担任了国家重大新药创制、国家重大研发计划、国家重大研究计划和比尔盖茨基金会重大项目等多个项目的负责人。并兼任中国药理学会肾脏药理分会常委，中国生物物理学会代谢生物学分会理事，北京市药物代谢学会副主委、北京市药物化学生物学会副主委等。在国际著名期刊Nature Genetics、Immunity、Gut、Hepatology、Nature Communications, PLOS Biology 和 PNAS等发表高水平论文近60篇。