冯骅主要从事X射线天文学及空间天文仪器研究，主要感兴趣方向是围绕致密星体的吸积物理。高灵敏度X射线偏振测量是天文学中的新窗口。冯骅致力于研究新型的X射线偏振探测方法，并积极推动它们应用到我国下一代的空间天文项目中。他在清华大学领导小组发展基于光电效应的偏振测量方法和仪器研究，并在2018年10月发射了“极光计划”，成功利用立方星实现了新技术的首次空间验证。经过一年的数据积累，极光计划期待对蟹状星云和脉冲星获得正面的测量结果，以打开keV能区天文X射线偏振这一封闭了40多年的窗口。同时，他积极利用现役的空间望远镜对吸积致密星体进行观测，研究黑洞和中子星如何在极端情况下进行吸积和辐射。