主要从事基因组学、蛋白质组学、生物信息学与系统生物学研究。曾发现“细胞活性因子的发育相关进化”、“相互作用分子的协同进化”、“mRNA编码区与非编码区的协调进化”及“物种演化中的分子减速进化”等规律性现象；发现并克隆肝细胞生成素、揭示其基因调控机制、研制其重组品，发现其受体及其两条信号转导通路；建立人胎肝转录组及其蛋白质组，从中发现500余种新基因、新蛋白质；发现中国人群常见恶性肿瘤及慢性肝炎等的易感基因10余种;倡导并领衔了人体第一个组织、器官的“人类肝脏蛋白质组计划”，这也是中国第一次领导大型国际合作计划，Nature、Science、Nature Biotechnology等国际著名杂志给予高度评价。