国家级个人荣誉：
2009年“新世纪百千万人才工程”国家级人选
2010年国务院政府特殊津贴
2012年全国农业科研杰出人才
2012年全国农业科研创新团队负责人
2016年全国先进科技工作者
2017年首届全国黄大年式团队负责人
2018年国家“万人计划”教学名师
2018年度中国渔业科技创新领军人才
2019年中国远洋鱿钓渔业行业技术突出贡献奖（中国远洋渔业协会）
2020年第二届创新争先奖
2021年4月20日路透社评选入选全球最具影响力的气候领域科学家
2021年首届全国教材建设先进个人
2022年12月中国远洋渔业协会获评“最美远洋渔业人”
校友会2023年中国大学高贡献学者名单（海洋科学）
2022年“全球前2%顶尖科学家榜单”（World’s Top 2% Scientists 2023）
省部级个人荣誉：
2001年上海市新长征突击手
2002年上海市科委启明星计划
2004年上海市曙光学者
2006年上海市科教党委系统优秀共产党员
2006年上海市科教党委系统第一届青年科技创新人才
2006年度教育部新世纪优秀人才计划
2008年上海市曙光跟踪计划
2008年上海领军人才
2008年上海市第五届教学名师
2010年上海市优秀学科带头人
2016年上海市教卫工作党委系统优秀共产党员、师德标兵
2019年上海市“四有”好教师（教书育人楷模）提名
2019年上海市教育新闻人物（2020年）