主持国家重点研发计划、973预研计划、863计划、国际科技合作与交流项目、国家自然科学基金、教育部新世纪优秀人才支持计划、陕西省重大科研项目及横向项目50余项。研制并转化20余种新型化学品，实现了较好的经济效益。申请PCT国际发明专利10件；授权中国发明专利80余件，实用新型专利4件；出版著作8部，发表学术论文400余篇（SCI/EI 200余篇，ESI高被引3篇）。主持国家级教学团队、国家级精品课程、国家级规划教材及国家级实验教学示范中心等。指导全国优博论文提名1篇，陕西优博论文3篇。

以第一完成人获国家技术发明二等奖、国家科学技术进步二等奖、何梁何利基金科技创新奖、陕西省科学技术一等奖、中国轻工业联合会科技进步一等奖和技术发明一等奖、教育部技术发明二等奖、陕西省教学成果特等奖等。马建中教授是陕西省优秀留学回国人员、陕西省先进工作者、陕西省教学名师，中国轻工业联合会科技创新先进个人、皮革行业杰出贡献奖获得者，享受国务院政府特殊津贴。科研团队荣获全国工人先锋号、陕西省重点科技创新团队等荣誉称号。