基于多解并行遗传算法预测RNA二级结构及假结

非编码RNA功能通常与其结构密切相关,准确预测RNA的二级结构有助于揭示RNA的功能.在传统的遗传算法基础上,结合RNA二级结构和假结的特点,提出一种多解并行的遗传算法预测RNA二级结构和假结.首先构建茎区池和初始解集;然后根据RNA二级结构的基本特点建立目标函数、约束函数、自适应度函数和相应的遗传算子,基于初始解集中多条序列—结构模型进行并行遗传迭代,预测最优RNA二级结构;然后在RNA二级结构基础上,使用遗传算法继续进行迭代和筛选,预测含假结的RNA二级结构.实验结果表明,该方法不仅可以解决大规模茎区的组合问题,还可以减少随机性.该方法与常用的预测假结的IPknot方法比较,对单序列RNA的结构预测结果正确率高且稳定.