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两株单核体金针菇全基因组tRNA分析

Lü Xiaomeng,Wang Xiangfeng, Zhang Mengfei, Zhang Qingyong,Wang Qingji,Wang Wei

Genomics and Applied Biology(2021)

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摘要
金针菇(Flammulina velutipes)是一种重要的商业化栽培食用菌,具有较高的营养和药用价值.本研究基于全基因组测序技术,预测了两个金针菇单核菌株W23和L11基因组中的tRNA种类与数量.金针菇W23菌株基因组包含1 866个Scaffolds,共鉴定到204个tRNA基因,其中有25个可能的假基因和3个未知的异型结构.金针菇L11菌株基因组包含1 858个Scaffolds,共鉴定到194个tRNA基因,其中有27个可能的假基因,5个未知的异性结构.金针菇tRNA最大长度达到244bp,最小长度仅为58bp,总长度占基因组比例约为0.05%.两个金针菇单核菌株均没有鉴定到被称为人体第21种氨基酸的硒代半胱氨酸和可能的抑制性基因.本研究对金针菇的基因组tRNA编码基因的种类进行了分析,将有助于进一步研究其分子功能以及金针菇的系统进化.
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