基于高通量转录组测序技术的龙头鱼微卫星信息分析

为龙头鱼资源合理开发与保护提供有效分子标记,本研究利用IluminaHiSeqTM 2500高通量测序平台对采自舟山近海的龙头鱼肌肉组织进行转录组测序,从获得的Unigenes序列中挖掘SSR位点信息并分析其分布及特征.结果显示,测序所得29756条Unigenes中共识别出5652个完美型SSR位点,序列总长度为86517 bp,相对丰度为332.97个/Mb.龙头鱼转录组SSR以单碱基和二碱基重复类型居多,分别占SSR总数的67.59％和20.72％.6类完美型SSR共有重复基元148种,重复次数以10次为主,占总SSR的23.23％.SSR序列长度范围在10～92 bp之间,其中序列长度在12 bp及以上的SSR位点的含量为65.73％.综上所述,龙头鱼转录组SSR位点含量丰富、基元重复类型众多、重复次数较高,具有良好的分子标记开发潜力,获得的SSR标记可用于遗传多样性和系统发育关系研究.