基于高通量测序的青石斑鱼基因组微卫星开发及评价
Periodical of Ocean University of China(2017)
摘要
本研究采用基因组高通量随机测序的方法对青石斑鱼(Epinephelus awoara)微卫星标记进行了发掘,结果共获得青石斑鱼(Epinephelus awoara)基因组原始数据2.860 G.采用MISA (MIcroSAtellite)软件进行微卫星位点搜索,获得967 657条微卫星序列.随机选取了96条微卫星序列设计引物并利用8尾青石斑鱼个体进行多态性位点筛选,共获得60个具有多态的微卫星标记.利用其中16个微卫星标记对一个青石斑鱼亲鱼群体的种群遗传学特征进行评价,共检测到129个等位基因,单个标记的表观等位基因数(NA)分布范围为2~14,平均为7.167;表观杂合度(Ho)分布范围为0.422~1.000,平均为0.678 6;期望杂合度(HE)分布范围为0.481~0.893,平均为0.676 8.有5个标记的等位基因频率不符合“哈迪-温伯格平衡”,其中EAW-55596、EAW-21755、EAW-30334 3个标记表现为杂合子显著缺失(P<0.05),而EAW-33674和EAW-52520 2个标记表现为杂合子显著过剩(P<0.05).连锁不平衡检测表明各位点间无连锁不平衡现象.多态信息含量(PIC)分布范围为0.362 3~0.872 2,平均PIC=0.639 7>0.5,说明该亲鱼群体的遗传多样性比较高.而这些微卫星标记将对于青石斑鱼的遗传变异分析、亲缘关系鉴定提供了技术支持,这也将为青石斑鱼的分子遗传育种奠定了基础.
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关键词
Epinephelus awoara,high-throughput sequencing,microsatellite,polymorphism,genetic diversity of population
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![](https://originalfileserver.aminer.cn/sys/aminer/pubs/mrt_preview.jpeg)
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