全基因组序列的系统发育与重组分析鉴定我国马铃薯Y病毒株系

为明确我国马铃薯 Y 病毒(Potato virus Y,PVY)株系组成及其在不同寄主上的分布特征,文章对31条PVY中国分离物的基因组编码区进行了系统发育及重组分析.系统发育分析结果显示,最大似然法(maximum likelihood, ML)和邻接法(neighbor-joining,NJ)重建的系统发育拓扑结构基本一致,GF_YL20、FZ10、DF、SD1、1116和9703-3等6个分离物均未与已知株系相聚,其他株系来源相同的分离物以较高的自展值相聚成簇,显示出较强的株系特异性.重组分析显示, 31个PVY分离物中,共有28个PVY分离物均检测到具有显著的重组信号,这些分离物主要包括PVYN-Wi、PVYNTN和PVYNTN-NW三种株系.进一步分析显示,分离物1104、DF、SD1、1116和9703-3为未报道过的PVY新重组分离物.株系统计结果显示PVY重组株系已上升为优势株系,生产上需要密切注意这些株系,尤其新重组分离物的发展动态.以上结果表明,综合应用PVY全基因组序列的系统发育和重组分析,可以实现PVY株系的准确鉴定.