药用植物藤石松生药和饮片中的微小RNA差异表达研究

目的 拟利用藤石松Lycopodiastrum casuarinoides生药与饮片中微小RNA (miRNA)表达谱,鉴定其中热稳定存在的miRNA,为今后藤石松miRNA生物药效研究奠定基础.方法 选取藤石松的2种加工形态生药与饮片全株样品(包含茎、叶、分枝),采用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序方法,根据miRNA家族在不同物种中的保守性,将miRBase数据库中的已知植物miRNA与通过高通量测序获得的藤石松miRNA序列进行比对,利用生物信息学方法,注释藤石松中的所有miRNA序列,并鉴定生药与饮片之间的差异表达miRNA分子,同时完成它们相应的人类靶基因预测,此外,对这些miRNA及靶基因进行GO和KEGG功能注释分析.结果 生药组与饮片组分别获得9 898 332、10 099 918条序列,其长度基本呈正态分布,而且均在21、24 nt的位置上形成2个峰值.两组显著差异表达的miRNA共计25个,其中22个表达上调,3个表达下调.GO分析结果表明miRNA靶基因涉及富集与结合、催化、分子转导等分子功能以及细胞调控、代谢过程等生物过程.KEGG通路富集分析表明靶基因多集中于癌症与免疫相关通路,如pathways in cancer、proteoglycans in cancer等信号通路.结论 首次揭示了藤石松生药与饮片的miRNA表达谱,存在潜在的可利用的植物来源的稳定miRNA分子,为进一步研究藤石松中与癌症或免疫相关的miRNAs分子药理功能奠定基础.