基于生物信息学鉴定黏液样脂肪肉瘤中甲基化调控的差异表达基因

目的 通过生物信息学方法鉴定黏液样脂肪肉瘤(MLPS)中甲基化调控的差异表达基因(MeDEGs).方法 从GEO数据库中选取MLPS基因数据集GSE59568和DNA甲基化数据集GSE52391.采用GEO2R工具筛选差异表达基因(DEGs)和差异甲基化基因(DMGs),重叠负相关的DEGs和DMGs以筛选MeDEGs.采用DAVID软件对MeDEGs进行功能分析及通路富集分析.利用STRING和Cytoscape等工具绘制蛋白互作网络、筛选功能模块与Hub基因.利用TCGA数据库分析Hub基因在肉瘤中的甲基化水平和基因表达水平,及其与肉瘤患者生存情况的关系.结果 共鉴定出221个MeDEGs,包括143个表达上调基因和78个表达下调基因.MeDEGs主要参与细胞增殖、凋亡、核糖体结构成分、蛋白结合等生物学过程,主要富集在核糖体、癌症、RAS相关蛋白1、AMP依赖的蛋白激酶和Ras等信号通路.筛选出的前20个Hub基因均为上调的MeDEGs,其中RPS2、CDCA5、NCAPG、NLE1、TYMS和BYSL可能是MLPS患者预后潜在的独立预测因子.结论 RPS2、CDCA5、NCAPG、NLE1、TYMS和BYSL等基因的异常甲基化可能与MLPS的发生及预后密切相关.