咖啡驼孢锈菌ITS序列特征及系统发育关系

Weihuai WU,Baohui LIU,Le LI,Xing HUANG,Yanqiong LIANG,Jinlong ZHENG,Quanwei WANG, Rui LI,Chunping HE,Kexian YI

Chinese Journal of Tropical Crops（2018）

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摘要

为了了解咖啡驼孢锈菌ITS序列特征及系统发育关系,本研究对来自中国咖啡栽培区的咖啡驼孢锈菌ITS序列进行了克隆.将克隆序列与来自不同咖啡种植区的咖啡驼孢锈菌菌株序列多样性进行了比较,并于NCBI数据库中下载其他锈菌菌株ITS序列进行系统发育关系研究.结果表明,来自中国咖啡栽培区的咖啡驼孢锈菌ITS序列全长950 bp.其中ITS1长为224 bp,GC含量介于30.36％～31.25％之间;5.8S长为153 bp,GC含量为37.25％;ITS2长483～485 bp,GC含量介于24.12％～25.05％.来自不同咖啡种植区咖啡驼孢锈菌ITS核苷酸序列多态性虽然存在一定差异,但是其多样性十分低且不存在明显的区域分化.在系统发育关系方面,咖啡驼孢锈菌与其他锈菌ITS序列差异明显,能独立聚类成一个分支.

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