不同16S rDNA引物对肠道菌群分析差异的比较

目的 分析不同16s rDNA"通用引物"扩增靶序列在研究肠道微生物菌群分析时的差异,为选择合适的通用引物扩增肠道微生物菌群提供基础数据.方法 从一健康成人的粪便中提取总DNA,以两对"通用引物"27F/519R和27F/533R扩增16S rDNA序列,扩增产物分别克隆到PGEM-T载体,建立克隆文库;两个克隆文库分别挑取65个克隆进行测序,通过序列同源性比对和构建系统发育树,比较两对引物在分析肠道菌群多样性上的差异.结果 成功构建了L519和L533克隆文库,阳性克隆率分别达到95.3%和92.3%.533文库和519文库中非培养或不可培养的克隆比例分别占69.1%和76.6%(P<0.05).两文库优势菌群相同,均为梭状芽孢杆菌、拟杆菌、芽孢杆菌和变形杆菌,但各菌群的比例及低丰度菌群的分布稍有差异;在种群多样性上,533文库和519文库中分别得到22个和17个可操作分类单元,533文库比519文库有更丰富的种群多样性(P<0.05).结论 在分析肠道菌群多样性时,引物27F/533R较27F/519R有更好的兼并性,更适宜于进行肠道菌群结构和多样性的分析.