Genotipagem por enriquecimento e captura direcionada de genes candidatos em Coffea canephora

A captura direcionada de sequencias acoplada ao sequenciamento de alto rendimento tornou-se um metodo poderoso para o estudo da variacao de sequencias genomicas. Usando o genoma disponivel de C. canephora (tamanho estimado de 710 Mb/haploide) como referencia, projetamos sondas para 323 genes candidatos selecionados (CGs) visando capturar seus homeologos em 293 acessos de C. canephora da Uganda, 12 clones do Brasil e um subconjunto de 19 individuos cobrindo todos os grupos de diversidade de C. canephora . Para um total de 324 individuos de C. canephora , projetamos, com sucesso, cerca de 19.000 sondas e identificamos mais de 16.000 polimorfismos de nucleotideo unico (SNPs) de qualidade, localizados dentro ou proximo a 318 genes anotados, gerando dados genotipicos para populacoes que estao localizadas em regioes que abrangem diferentes condicoes climaticas. Nos investigamos questoes como desenho das sondas, cobertura do sequenciamento, eficiencia da hibridizacao e captura, e estrategias de analise dos dados por bioinformatica.