葵花大蓟叶绿体基因组结构特征及系统发育分析

葵花大蓟(Cirsium souliei)是菊科(Compositae)、蓟属(Cirsium)的一种多年生药用草本植物,具有重要的药用和生态价值.基于高通量测序技术,本研究通过对葵花大蓟的叶绿体基因组测序、组装、注释和特征分析,结果发现葵花大蓟叶绿体基因组全长152 470 bp,为典型的环状四分体结构,GC含量为37.7％;叶绿体基因组共编码134个基因,其中蛋白编码基因89个,tRNA基因37个,rRNA基因8个;叶绿体基因组共检测到188个简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,以单核苷酸重复为主;同时,密码子偏好性分析显示,亮氨酸(Leu)是使用频率最高的氨基酸(10.51％),同义密码子相对使用频率(relative synonymous codon usage,RSCU)值大于1的密码子有30个且以A/U结尾为主.此外,基于叶绿体基因组构建系统发育树,结果显示管状花亚科(Carduoideae)46种植物中,葵花大蓟与蓟属的翼蓟(C.vulgare)的亲缘关系最近,支持率高达100％,旨在为葵花大蓟遗传多样性、群体遗传结构、系统进化及物种形成机制提供理论依据.