年龄相关性听力损失核心基因的筛选及生物信息学分析

目的 筛选年龄相关性听力损失的核心基因,为其早期诊断寻找新的分子靶标.方法 从高通量基因表达数据库中搜索出3个年龄相关性听力损失的基因芯片,利用R语言的LIMMA包对其进行差异表达基因分析,筛选标准为P<0.05和|logFC|>0.5.通过STRING数据库从表达下调的基因中富集出核心基因并使用KEGG富集核心基因的下游信号通路.使用miRDB数据库预测调控核心基因的miRNA.结果 从3个基因芯片GSE6045,GSE62173和GSE35234共筛选出109个上调基因和121个下调基因.从121个下调基因中富集出10个核心基因:Col3a1,Col1a2,Sparc,Col4a2,Col2a1,Postn,Col5a2,Lox,Acan和Ctgf.KEGG通路富集中col家族基因富集于与年龄相关性听力损失有关的信号通路:Protein digestion and absorption,ECM-receptor interactions,PI3K-Akt,Focal adhesion.使用miRDB数据库预测到两个调控核心基因的重要miRNA即miR-29a-3p,miR-29c-3p.结论 筛选出10个在年龄相关性听力损失中下调的核心基因Col3a1,Col1a2,Sparc,Col4a2,Col2a1,Postn,Col5a2,Lox,Acan和Ctgf.其中Col3a1,Col4a2,Col2a1,Col5a2受miR-29a-3p,miR-29c-3p调控并通过Protein digestion and absorption,ECM-recep-tor interactions,PI3K-Akt,Focal adhesion通路发挥作用.