Desenvolvimento do Montador Velvet Usando OpenACC

Em bioinformática, existem vários programas disponíveis para análise de sequências de DNA. Esta é geralmente uma tarefa muito demorada, uma vez que essas sequências de DNA podem ser muito longas e complexas. O montador Velvet foi projetado para montar dados de sequenciamento de leitura curta e longa em sequências genômicas mais longas. A última versão do Velvet foi desenvolvida para funcionar com várias threads usando programação paralela com OpenMP. Aqui apresentamos uma nova versão do Velvet que explora multiprocessamento e unidades de processamento gráfico (GPU) por meio de diretivas OpenACC. Nossos testes demonstram que essa extensão do Velvet permite um desempenho mais rápido e uso de memória mais eficiente.