猪流行性腹泻病毒云南省流行毒株S1基因序列分析
CHINA ANIMAL HEALTH INSPECTION（2022）
摘要
为深入了解云南省猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)的流行现状及现有疫苗株的保护效果,从2017—2022年云南省PEDV感染临床阳性样品中扩增出9份样品的PEDV S1基因,利用生物信息学方法,对9份样品S1基因进行了遗传进化树构建、同源性分析和氨基酸突变位点分析等.结果显示:2份样品位于G1基因群,其余7份位于G2基因群的G2b基因亚群.7份G2b基因亚群样品的核苷酸和推导氨基酸同源性较高,与G2基因群的AJ1102和L/W/L疫苗株处于不同基因亚群且同源性较低,并在第13、139、289和363位发生了不一致的突变位点;与现有疫苗株相比,在抗原中和位点COE区域以及其他区域,有明显的抗原性变化.结果表明:云南省存在G1基因群和G2b基因亚群PEDV同时流行,但以G2b基因亚群为主;流行株和疫苗株间存在较远的遗传和亲缘关系,以及氨基酸突变和抗原性差异,这很可能是导致目前PED控制不理想的原因,因此需要研发安全有效的疫苗.
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