基于CRISPR-Cas13a和RT-RAA的HIV核酸检测方法的建立

目的 探索一种基于成簇的规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)和反转录重组酶介导的等温扩增(RT-RAA)技术HIV核酸检测新方法的可行性.方法 在HIV网络数据库www.hiv.lanl.gov下载HIV CRF07_BC亚型基因序列,根据保守序列设计RT-RAA引物和crRNA.通过荧光法CRISPR核酸检测筛选crRNA;利用梯度稀释的HIV RNA模板评价荧光法和试纸法CRISPR核酸检测的灵敏度;利用6种病原体核酸和不同亚型的HIV临床样本评价该方法的特异性.结果 从5条候选的crRNA中筛选出了 1条检测灵敏度较高的crRNA;荧光法和试纸法CRISPR核酸检测HIV RNA的灵敏度均为10拷贝/μL,与RT-qPCR法的灵敏度一致.荧光法和试纸法CRISPR核酸检测均可特异性检出HIV CRF07_BC亚型,与其他病原体核酸无明显交叉反应.在20例HIV临床样本检测中,试纸法CRISPR核酸检测准确检出了 10例CRF07_BC以及1例B亚型.结论 本研究建立了针对HIV CRF07_BC亚型的CRISPR核酸检测方法,具有便携、快速、高灵敏度和特异性的特点,为HIV感染者的检测和抗病毒治疗过程监测提供新的方法.