辣椒属GRF基因家族全基因组鉴定和表达分析

生长调节因子(Growth-regulating factor, GRF)是一类植物特异的转录因子,其作用涉及植物的生长发育、胁迫和激素信号响应等各个方面.目前还没有关于辣椒GRF的相关报道.利用BLASTP和隐马科夫模型(HMM)在辣椒属(Capsicum) 5个参考基因组数据库鉴定了52个GRF家族成员.通过分析发现辣椒GRF转录因子长度为200 ～ 745 aa,分子量23～81kD,理论等电点5.9 ～9.5.保守结构域和基序分析发现,大多数辣椒GRF N端具有QLQ和WRC保守结构域,C端至少具有FFD、TQL和GGPL结构域之一;少数GRF N端仅具有WRC结构域,C端缺乏保守序列.系统进化分析发现,辣椒GRF转录因子分为5个群,位于同一群的GRF保守结构域位置、基序组成、基因结构相似,辣椒GRF与番茄GRF具有一一对应的进化关系.转录组数据分析表明,CaGRF8在辣椒果实发育早中期表达量高,CaGRF4在果实发育后期表达量较高;低温、干旱、盐和赤霉素处理后辣椒幼苗CaGRF表达量发生明显变化,CaGRF8受到赤霉素诱导表达量升高,而CaGRF4的表达被赤霉素抑制.